在长期的膜分离过程中，水处理设备反渗透膜的透水量会随着运行时间的增长而出现下降，这一现象的出现就是因为膜污染问题。由此可见，必须要对膜元件系统进行定期的清洗，这样才能将水处理设备反渗透膜面或膜孔内的污染去除，达到恢复透水量、延长膜寿命的目的。
反渗透膜清洗方案分为物理法和化学法，两种方法均能对膜进行有效的清洗。
物理法：该方法是利用机械力来清除膜表面的污染物。整个清洗过程不发生任何化学反应。
化学法：利用某种化学药品与膜面的滤饼进行化学反应来达到清洗膜的目的。
反渗透膜清洗物理方法：
1、手工擦洗法
该方法是一种比较原始但有效的方法。母体做法是将拆解开来的平板膜用柔软物质(如海绵)轻轻擦拭膜面上的污垢，边擦边用水冲洗掉，这种方法可有效地除掉膜表面上大量的污垢。但对于深入膜孔中更细小的杂质则无能为力。
2、等压水力冲洗法
任何构型的超滤组件均可以利用这种方法进行膜清洗。具体做法是关闭产水阀门，打开浓水出口阀门，靠增大的流速冲洗膜表面，这对去除膜表面上大量松软的杂质有效。等压冲洗的效果还与其连续冲洗的频率有关。
3、反向冲洗法
反向冲洗法是一种从膜的背面(多孔支撑层)向正面(密层)进行冲洗的方法。这是一种行之有效的清洗方法。反向冲洗膜后，再进行等压水力冲洗法，清洗效果很明显。
4、热水冲洗法
利用加热过的水(30～40~C)冲洗膜表面，对那些黏稠而又有热溶性的杂质(如糖类)去除效果明显。
5、水一气混合清洗法
将净化过的压缩空气与水一道送入超滤装置，水一气混合流体会在膜表面产生剧烈的搅动作用而去除比较顽固的杂质。效果也比较好。
反渗透膜清洗化学方法
水处理设备反渗透膜清洗时选择化学药品的原则：一是不能与膜及其他组件材质发生任何化学反应，二是不能因为使用化学药品而引起二次污染。
在使用化学清洗方法的时候往往结合采用等压冲洗和反向冲洗的方法，这样能更有效地清除膜表面的污染物。
氧化性清洗剂利用1%～3%H2O2、500～1000mg/LNaCl0等水溶液进行水处理设备反渗透膜清洗，既去除了污垢，又杀灭了细菌。H2O2是目前常用的杀菌剂。
加酶洗涤剂清洗如O.5%～1.5%胃蛋白酶、胰蛋白酶等，在水处理设备反渗透膜清洗时对去除蛋白质、多精、多糖、油脂类污染物质有效。
水处理设备反渗透膜元件是水处理系统的重要组成，因此定期进行水处理设备反渗透膜清洗是不可少的。
